KM „Perkūnas“, gimusi 2000 m. tuometiniuose Kauno popieriaus fabriko kultūros ir sporto rūmuose Petrašiūnuose, į gyvenimą išleido jau 15 laidų. Pirmais metais KM „Perkūną“ lankė 150 vaikų, o paskutinius kelerius metus jau apie 450 vaikų. Didžioji dalis žaidėjų netapo profesionaliais krepšininkais ir atstovauja arba atstovavo mėgėjiškoms komandoms Kauno krepšinio mėgėjų lygoje (KKML), tačiau ne vienas yra gynęs arba tebegina aukštųjų mokyklų rinktinių garbę, o E. Dimša ir M. Linkevičius sėkmingai jau daug metų žaidžia LKL. Tai rodo, kad geri krepšininkai išauga ne tik stambiausiose krepšinio mokyklose.
Per praėjusį laikotarpį, be šiandien dirbančių trenerių, mokykloje yra dirbę garsūs krepšinio specialistai: Henrikas Giedraitis, Vitoldas Masalskis, Jurijus Fiodorovas, Arūnas Serva ir kt.
2009 metais pirmą kartą mokyklos istorijoje buvo užimta prizinė vieta Lietuvos moksleivių krepšinio lygoje – trečią vietą MKL Jaunučių vaikinų B čempionate iškovojo KM „Perkūnas“ 94 (tr. J. Fiodorovas).
Marijampolėje vykusiame 2008/2009 m. MKL Jaunučių vaikinų „B“, gim. 1994 m., krepšinio čempionato Finalo ketverte be tradicinių dalyvių šios amžiaus grupės finaliniuose susitikimuose atsirado naujas vardas – Kauno krepšinio mokykla „Perkūnas“. Jurijaus Fiodorovo auklėtiniai mažajame finale 73:69 įveikė šeimininkus Marijampolės ŽSM I-Arvi krepšininkus. Tai buvo pirmasis MKL medalių komplektas, keliaujantis į krepšinio mokyklą „Perkūnas“.
2013 metais savo amžiaus grupėje „Perkūno“ pasiekimą pagerino 2001 metų rinktinė, MKL „Pirmojo iššūkio“ čempionate užėmusi antrąją vietą. Juozo Barkausko auklėtiniai sidabrą iškovojo dar du sezonus iš eilės – 2014 ir 2015 metais.
2015 metais MKL „Olimpinės taurės“ finale – kartus pralaimėjimas, tačiau saldus sidabras. Aibę apdovanojimų per komandos gyvavimo laikotarpį pelniusi KM „Perkūnas“ 96-Vytrita komanda (tr. Rytis Anskaitis) savo egzistavimą baigė sidabro medaliais. MKL Jaunimo čempionato (gim. 1996 m.) finale Sabonio KC „Perkūną“ pranoko rezultatu 86:60. Apibendrinus šią moksleivių kartą, galima drąsiai teigti, jog ji buvo viena stipriausių mokyklos gyvavimo istorijoje.
2017 metais „Perkūnas“ 2001 pakartojo čempionišką žygį ir antrus metus iš eilės tapo MKL nugalėtojais. Juozo Barkausko auklėtiniai Vilniuje vykusiame finale 88:77 įveikė vėlgi Plungės sporto ir rekreacijos centro komandą.
